，PEEK價格昂貴是其最大缺點。相較于其他塑料材料，如聚丙烯或聚乙烯，PEEK成本要高出許多。這種高成本限制了它大量用途，尤其是于對成本敏感行業中。另外，加工PEEK要特殊設備、技術，進一步增加了生產成本。
雖然PEEK于高溫下表現突出，但它并非完全不受溫度影響。于極端條件下，PEEK也許會有降解，導致材料性能下降。這要求于使用過程中必須控制環境條件，避免長時間暴露于過高溫度或特定化學環境中。
：PEEK回收利用是一個挑戰。因為其難以降解特性，回收處理過程復雜且效率低，通常要專門技術、設施來實現很好回收再利用。這不僅增加了環保壓力，也使得PEEK制品生命周期管理變得更加困難。
最后，PEEK于某些特定用途中替代品正于連續涌現，這些新材料也許提供更經濟實惠選擇，或者于某些性能指標上優于PEEK。因此，企業于選擇材料時需綜合考慮性價比及具體需求，以做出最優決策。
上述概括起來盡管聚醚醚酮是一種極為突出工程塑料，但其高昂成本、復雜加工要求還有有限可回收性問題依然不容忽視。企業于選用PEEK時應權衡利弊，確保其使用能夠帶來實際價值。
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