，PEEK價格高昂是其最大局限。因為生產過程復雜且技術要求高，PEEK成本遠高于普通工程塑料如聚丙烯〔PP〕或聚碳酸酯〔PC〕。這使得PEEK用途范圍主要集中于航空航天、汽車工業、醫療設備還有半導體行業，而于成本敏感型市場中難以普及。
盡管PEEK具有優良耐磨性、自潤滑性，但它摩擦系數相對較高，特別是于干摩擦條件下，也許會導致磨損加劇。因此，于某些要極高耐磨性場景下，PEEK也許不是最佳選擇。另外，PEEK對缺口較為敏感，容易于應力集中處有脆性斷裂，這限制了它于承受動態載荷或沖擊載荷場合下使用。
：雖然PEEK含一定阻燃特性，但它并非完全不燃燒，仍屬于可燃材料。于極端火災環境中，PEEK也許會釋放出少量有毒氣體，這對安全設計提出了額外要求。
最后，PEEK加工難度較大。因為熔融粘度較高，其成型加工要較高溫度、壓力，并且對模具精度有要求。對于初學者或者不含專業設備企業而言，掌握PEEK加工工藝存于一定挑戰。
上述概括起來盡管聚醚醚酮憑借超強綜合性能成為許多行業理想材料，但其高成本、特定環境下局限性還有復雜加工需求仍是制約其大量用途很大因素。企業于選用PEEK時需根據具體需求權衡利弊，合理取舍。
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