，PEEK價格高昂是其最大短板。因為生產過程復雜且技術門檻高，PEEK樹脂成本遠高于普通塑料如聚丙烯〔PP〕或聚乙烯〔PE〕。這使得它于一些對成本敏感用途場景中難以普及，例如一次性消費品行業。
PEEK雖然具有優良耐磨性、自潤滑性，但于某些極端工況下仍也許表現出不足。比如，于高速重載條件下，其摩擦系數也許會增加，導致磨損加劇。另外，盡管PEEK能夠承受較高溫度，但長時間處于高溫環境會導致材料老化，影響使用壽命。
：PEEK韌性相對較低，于受到強烈沖擊時容易有脆裂。因此，于設計要承受動態負載或者沖擊載荷部件時，必須充分考慮這一點，并采取相應措施來增強結構強度。
最后，從加工角度來看，PEEK屬于熱塑性聚合物中“難處理”類型。熔融粘度較高，要求模具含優良導熱性以確保均勻冷卻；和此同時還要較高注塑壓力、精確控制成型條件才能獲得理想產品。對于缺乏經驗操作人員而言，這無疑增加了生產難度。
上述概括起來雖然聚醚醚酮憑借超強性能成為許多高端用途很好選擇，但其高成本、有限韌性還有復雜加工要求也限制了它大量用途范圍。企業于選用該材料時應權衡利弊，根據實際需求做出合理決策。
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