，從材料結構來看，PFA、PTFE雖然同屬氟塑料家族，但于分子結構上存于差異。PFA是一種共聚物，其分子鏈中包含全氟烷基乙烯基醚單元，這使得它于某些性能上優于純PTFE，例如更好熱穩固性和加工性。然而，這種差異導致兩者于熔融狀態下難以形成很好分子間結合。
于熱熔過程中，材料要達到一定溫度以實現粘結或焊接。對于PTFE來說，其熔點約為327℃，并且于此溫度下會開始分解，釋放出有毒氣體。而PFA熔融溫度稍高一些，通常于360380℃之間。就算于這樣高溫條件下，因為兩者分子結構不匹配，即便能夠短暫熔化并接觸，也無法形成穩固化學鍵合，最終會導致結合強度極低甚至完全分離。
另外，實際用途中，PFA、PTFE被用作獨立涂層或部件，而非直接組合使用。如果確實要將兩者結合，則可以通過機械方式如粘接劑來實現連接，而非熱熔工藝。
上述概括起來盡管PFA、PTFE都是性能很好工程塑料，但因為它們分子結構特點及熔融行為不同，無法通過熱熔方式實現牢固結合。
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